質問の回答

Twitter経由で質問がありましたので、お答えします。

ナイフフォークで出願して見過ごされたら無効理由にはなりませんよね？また、ナイフフォークスプーン、箸で出願したら統一感あれば登録になりますよね？

質問の意図が明確では無いですが、組物意匠として回答します。
組物意匠において、８条違反については無効理由となりません。
したがって、組物である「一組のナイフ、フォーク及びスプーンセット」について、仮にスプーンが含まれていなくても無効理由とはなりません。

また、箸について含まれる場合についてです。
組物意匠は「それ以外の物品を含むものについては、その加えられた物品が同時に使用されるものであり、かつ各構成物品に付随する範囲内の物品であるものとする。 」であれば認められます。
具体的に箸が認められるか否かという問題は、実務的にはともかく、試験としてはおさえなくてよいかと思います（組物の出願実務をやっていないため、これについては即答出来ません）

組み物意匠56品目の中で他に具体的に問われてきそうな品目ってありますか？

受験生は基本的にはおさえる必要がない（重要度がかなり低い）と思いますので気にしなくてい良いでしょう。
なお、平成25年の問題は、他の枝から回答が出せなくはありませんが、正直捨て問に近い出題だと思われます。
試験は満点を取るのが目的ではない（満点を取らせない様に問題を作る）ので、そこは仕方有りません。

あと質権の物上代位でH25-48-2の枝、特96条との違いがわからないです。

平成２５年問４８の枝２はよく質問を受ける枝になります。
特許権を目的と知る質権の質権者は、特許権者が受けるべき金銭に対して質権を行使可能です。
例えば、甲が乙に対して実施権を許諾し、乙から実施料をもらっている場合は当該実施料からお金を回収出来ます。

２５−４８−２ですが、これは特許権を目的とする質権者が、専用実施権の対価についてお金を回収出来るかという問題です。
すなわち、特許権者甲が専用実施権を乙に許諾（設定）します。
乙は、更に通常実施権を丙に許諾し、乙は丙から実施料を受けています。
質権者は、乙が受け取る実施料については、当然質権行使は出来ません。
甲の財布に入ってくるお金だけであり、乙の財布に入ってくるものは別となります。

物質特許について、試験、研究、薬事法の承認申請を目的に特許期間中に製造した特許物質を、特許期間満了後に販売することは特許権侵害に当たりますか？

該当します。
そもそも、特許権の存続期間中の製造は実施に該当します。
販売目的か否か、目的にかかわらず侵害です。
ただ、69条に該当する場合だけ例外として権利侵害にならないのです。

なお、試験研究等で製造されるものは多くないため、その後販売するという行為には現実としては繋がらないでしょう。
また、試験・研究で用いたサンプルに近いものを販売する場合、品質等の点で逆にリスクが高いので、企業としても行わないと思います。