存続期間満了後の後願の商標登録出願について

例えば、先願登録商標Aと同一の商標Aについて出願した場合、通常4条1項11号に該当して登録を受けることが出来ません。
しかし、先願登録商標が更新を行わず、先願商標がなくなれば、登録を受けることが出来ます。

この後願が登録になるタイミングですが、特許庁としては存続期間満了後、1年間は登録を認めないのです。

事情は分かるのですが、倍額納付期間の6月経過後、条文上商標権が消滅しているにもかかわらず、4条1項11号の拒絶理由が来るのはかなり違和感があります。いや、違和感というより、条文上は4条1項11号に該当していない訳ですから、何とも言えないところです。
そもそも1年は長すぎますよね?ってなって、4条1項13号を廃止した趣旨は全く反映されていないということになります。

こういう条文上と異なる運用というのは、ちょっと困ったところです。