商５条５項違反について

ご質問があったのでお答えします。

商5条5項違反が、無効理由(商46条１項3号)になっている理由を、どのように捉えたらよろしいでしょうか？

５条５項は５条４項の記載をちゃんとしてねという条文になります。
なので、５条４項をサポートしている条文と考えてよろしいかと思います。
そして、この５条４項は商27条３項によれば、権利範囲に直接関わってきます。

したがって、単なる記載不備というより、権利範囲を決める重要なものという取扱いと考えた方が良いでしょう。
そのため、異議・無効理由にもなっていると思われます。